L’information contenue dans les cladogrammes est analysée de différentes façons, notamment par divers calculs du rapport homologie/homoplasie. Dans ce cadre un traitement nouveau de l’homoplasie est offert par le logiciel NoiseSnapper (Zaragueta et al. 2004). Ce logiciel est accessible en ligne.

Il s’agit d’identifier les caractères homoplastiques se comportant de façon aléatoire par rapport à une matrice donnée, de telle sorte que la notion de « bruit » est réservée à ces derniers qui peuvent donc être éliminés. Une description et une application de NoiseSnapper est publiée dans le cadre d’une étude de cas [plantes de la famille du curare (Jacques et al. 2007)].

Le problème récurrent des comparaisons entre approches hypothético-déductives (ou, si l’on préfère, de contrôle/réfutation) et approches de modèle a donné lieu à des publications dans des ouvrages collectifs issus de colloques (Debruyne & Tassy 2004 ; Tassy 2005).