3ia

Sous cette dénomination sibylline, on trouve la recherche d’un nouvel algorithme permettant de construire un cladogramme, différent de l’algorithme de parcimonie. Cette recherche initiée dans les années 1970 par le systématicien américain G. Nelson butait sur la difficulté de concevoir et de mettre en application un algorithme permettant de «superposer» des hypothèses de parenté par caractère (des propositions hiérarchiques) sans passer par un calcul de distance minimale. Ces travaux ont abouti à la réalisation du logiciel NELSON05(Ducasse et al. 2007). Ce logiciel est accessible en ligne.
La version actuelle est une version de travail qui est encore en devenir. NELSON05 permet de construire des cladogrammes qui ne sont pas des arbres de longueur minimale mais des arbres optimisant les propositions hiérarchiques de base, dites « à-trois-taxons » = 3ia). On ne saurait trop souligner que du point de vue de la construction des arbres, NELSON05 est un logiciel sans précédent, unique en son genre.
Une nouvelle présentation du codage en termes de représentation hiérarchique (liée à la 3ia) est proposée (Cao et al. 2007). La représentation hiérarchique des hypothèses est appliquée à l’occasion d’une étude de cas (oiseaux odonptérygiformes) (Bourdon 2005).